車検後にオーバーフェンダーをつけて構造変更するってなったら、同様の車検料金

車検後にオーバーフェンダーをつけて構造変更するってなったら、同様の車検料金取られるんですか？

極論はそうです。
通常の車検は、継続検査と呼ばれるもので、今乗っている車に問題がない事を確認して、検査合格したので乗ってもいいですよというものです。
構造変更検査は、その名の通り構造が変更された事(極端な話違う車になる)を確認する検査なので、
違う車になったけど、問題ないですよ。検査合格しましたよ、というものです。次回車検も検査合格日から2年後になります。
なので、店で代行してもらう場合、同様の車検料金を支払うというよりは、構造変更手数料といったようなものがかかる感じになるのではないでしょうか。プラス、重量税と検査手数料ですね。
自賠責保険は、車検期間を満たしていればそのまま使用できます。不足している場合は、1ヶ月単位で追加加入できます。

日本語を間違えてます。
誤
同様の車検料金取られるんですか？
正
同様の車検料金支払うんですか？

正確に言えば「構造変更」じゃなく「記載変更」だね
構造は変わらない、記載内容（横幅）が変わるだけだから・・・
ともかく新たに検査するので同様の車検料だね
ただ自賠責は足りない分だけ月割りで払えばよい

構造変更＝車検なので自賠責以外は車検と同じ額＋構造変更費用がかかります。