フィット FITGD3のリアの車高調が抜けてきたので交換しようと思うのですが、

フィット FITGD3のリアの車高調が抜けてきたので交換しようと思うのですが、リアだけ純正ショック＋ダウンサスにしても問題ないでしょうか？

大丈夫だと思います。というかリヤトーションビームのサスペンションに車高調はいらないんじゃないでしょうか。
下げたいだけならローダウンスプリングで充分だと思いますが。