車を買ったホンダ Hondaの店(①とします)で車検の見積もりを取った所1

車を買ったホンダ Hondaの店(①とします)で車検の見積もりを取った所18万円と言われました。
高いのでオートバックスにでも出そうと思っていたのですが、「隣の市のホンダ Honda(②とします)は安い」と聞き、同じ内容で見積もりを取ったら14万円でした。
なぜ同じホンダ Hondaなのに①と②でここまで料金が違うのでしょうか？部品番号は同じで手数料や工賃が全然違うのですが、今後安い方に整備を頼んでも大丈夫でしょうか？

工賃・手数料の差だけで4万も変わるのは、ちょっと不思議ですね。
安いと言っても工賃で1割くらいな話です。
何か理由があると思いますよ。
純粋に安いなら、それに越したことはありませんが、安い給料で働かされている整備士を使っていると考えると、本当にその店で良いのかは不安になります。

それぞれのホンダ店のホームページで確認されれば分かると
思いますけど、おそらくこの場合①ホンダ正規ディーラー、
②ホンダサブディーラーの差、もしくは①、②ともに別経営母体の
ホンダサブディーラー、、、ってパターンになると思います。
※サブディーラー：地場資本の企業が経営母体としてホンダの新車販売を
している。ホンダ正規店及び正規のUセレクト店（中古車）とは関係ない。
今後安い方（14万円の店に）「頼んでも大丈夫か？」
大丈夫です。正規店とは違うかもしれませんが、元は整備士だろうし
正規店でちゃんと研修受けたりしていますから。
18万円が高くてオートバックスにでも頼もうか、、、
まあそれもいいとは思いますけど、価格と技術面でどうなのか？が
分かりません（カー用品店に車検出したことないので私には
分かりません）。
で、18万円が正規店だとしてそこにずっと世話になって客データ・
車の作業データなどあっても、サブディーラーとはつながって
いないので別の店を利用するとなると今までの整備記録を
ちゃんと言えるかどうか？になると思います。

ホンダディーラーでメンテナンスパックついてるかどうか確認してください。
メンテナンスパックは約２万程なので、それを除けば車検整備代が１５万程になると思います。
オートバックス行って１４万程だったらあまり差はないと思いますし、整備することはあまり変わりないと思います。
個人的にはメンテナンスパック込みの18万円だったら、そっち選びます。人の命預かってる車運転するんだったらケチらず払ったほうがいいと思いますよ。安全に乗りたかったらしっかり整備してもらってください。

純正部品は別だけど
工賃は店舗で決める物
ディーラーだからといって
全国共通のわけが無い。
大手ファストフードも
都会は高く地方は安いでしょ。

FCの運営会社の価格設定の違いですね。
当然運営会社によって経費や人件費が変わって来ますから。

べつにおかしくはない。例えば同じ名前のスーパーで同じ商品買っても、立地やその他経営方針などで値段は違う。
それと同じ事でしょ。