運転免許ですが、資格欄のところは、上位免許を取ると、下位免許の欄は埋める

運転免許ですが、資格欄のところは、上位免許を取ると、下位免許の欄は埋める方法はないのでしょうか？

あります。
一旦返納とか失効とかさせて、改めて下位免許から
取得すれば良いです。

＞運転免許ですが、資格欄のところは、上位免許を取ると、下位免許の欄は埋める方法はないのでしょうか？＜
↑↑ 埋めるとは？
運転免許証の表記の所に上位免許だけを表記して
下位免許の表記させない方法と言う事ですか？
もしそうならありません。

取得後ではできないですね。一度資格なしにしないと、取得はできません。
＞普通二輪と小型限定普通二輪とだと、免許欄に違いは出ますか？
普通自動二輪免許は、フルビット免許を目指す場合には、限定なしになりますので、普通自動二輪（小型限定免許）は、限定解除されれば、その記載がなくなりますので、フルビット免許を目指す場合に、普通自動二輪（小型限定免許）の取得は、外してよいと思います。

ないのです。
小型二輪を取ると、普通自動二輪の欄が埋まり、「普通二輪は小型限定に限る」と記述されます。

免許を返納してから最初から取り直せば可能です

ないですよ。
だから免許マニアはまず原付免許から取るのです。