免許の初心者期間について質問です。16歳で原付免許を取得し、

免許の初心者期間について質問です。16歳で原付免許を取得し、そこから2年間乗らずに普通免許を取得すると自動車に初心者マークをつける必要はありませんか？

あります。普通自動車への初心者マークの掲示義務は、普通自動車免許の取得から一年間です。先に原付やら自動二輪やらを取得していても関係ありません。

原付免許は上位免許に対してなんの効力もなし

初心者マーク必要

普通免許の取得から1年間は初心運転者期間であり、運転をする際には初心運転者標識（初心者マーク）を表示する義務があります。
原付免許を持っているかどうか、いつ取得したかは関係ありません。