ロッキーハイブリッドに乗っているものです。現在2年半乗り走行距離25

ロッキーハイブリッドに乗っているものです。
現在2年半乗り走行距離25000キロくらいです。
先日運転中、エンジンシステム異常とスマートアシスト故障の表示が出てディーラーに行ったところ恐らくサブバッテリーの充電不足(走行距離不足による)ではないかとのことでした。確かに通勤距離3キロくらいなのでその説明で納得し、表示を消してもらいその日は帰りました。＊サブバッテリーを点検してもらったところ機能的には100%でした。
そして今日出先で運転中にまたエンジンシステム異常とスマートアシストの故障の表示が。とりあえず今日はディーラーが定休日なのでそのまま家に帰ろうと思ったら、いきなりスピードが出なくなり高水温警告灯の表示が出ました。JAFを呼んで運んでもらったのですが、JAFさんも多分オーバーヒートはしていないとおもうけど、、と。
原因がわからずもしかしたらシステムの誤作動ではないかとのことでした。
高水温警告灯もエンジンシステム異常、スマートアシスト故障の表示も全て充電不足による影響なのでしょうか？詳しい方教えてください。

>原因は、高水温警告灯もエンジンシステム異常、スマートアシスト故障の表示も全て充電不足による影響なのでしょうか？

結論から言うと、充電不足が原因の可能性は高いですが、断定はできません。

①サブバッテリーの充電不足
確かに、短距離走行が多いとサブバッテリーの充電不足は起こりえます。
そして、サブバッテリーは、スマートアシストシステムや、エンジン制御にも関与しています。
サブバッテリーの充電不足が、これらの警告灯の原因になっている可能性は充分にあります。
②高水温警告灯
高水温警告灯は、エンジン冷却水が過熱していることを示します。
サブバッテリーの充電不足が原因で、エンジン制御に異常が発生し、冷却水の循環に問題が生じているのかもしれません。
しかし、冷却水量の不足や、ラジエーターの詰まりなど、別の原因も考えられます。
③エンジンシステム異常
エンジンシステム異常は、エンジン制御に問題が発生していることを示します。
サブバッテリーの充電不足が原因で、エンジン制御に異常が発生している可能性はありますが、センサーの故障や配線のトラブルなど、別の原因も考えられます。
④スマートアシスト故障
スマートアシストシステムは、サブバッテリーの電力を利用しています。
サブバッテリーの充電不足が原因で、スマートアシストシステムが正常に動作しなくなっている可能性は高いです。

JAFさんも言及しているように、システムの誤作動の可能性も考えられます。
まずは、ディーラーで診断してもらいましょう。