Fzr250r3ln1(89年式)丸目2灯の車体にfzr250r3ln5(

Fzr250r 3ln1(89年式) 丸目2灯の車体にfzr250r 3ln5 (プロジェクター式ヘッドライト)のエンジンはそのままのせられますか？

そのままでは乗りません。
何故ならば腰下（フレーム）は確か、3LN2から以降は共通ですが3LN1だけ異なるのです。マウント部材を切り出して作るなら可能性はありますがポン付けではないです。