至急お願いします。免許更新(初回)に行くのですが、持ち込みで免許証写

至急お願いします。
免許更新(初回)に行くのですが、持ち込みで免許証写真を提出する際は最初の受付で、ハガキと免許証を提出する際に一緒に渡すと良いのでしょうか？
また、当日の流れを教えてください。

それぞれの都道府県で細かな運用は違うでしょうが、一番最初の受付時に提出して「持ち込み写真で更新をしたい」と申し出るべきですね。もし提出タイミングが違っていても、その時に適切な方法を指示してくれるでしょう。
あと、窓口によってはその「最初の受付」が無人の機械だったりするので、その場合は機械に並ぶ前に、近辺に居る係員さんに尋ねたほうがいいでしょう。
一般的には、受付・講習種別確認→講習費用支払い→視力検査→写真撮影→講習室の空き待ち→講習受講→最後に免許証を受け取って退去、です。都道府県や窓口によっては、予約制が取られていたり、講習以後が別日になったりします。持ち込み写真を受け付けて貰えない窓口もあります。

都道府県によって少々異なります。
免許センターで更新の場合は、写真は不要です。
持ち込みで免許証写真でも可能ですが、当日の免許証の発行は不可となり後日の完成となり、また取りに行かなければならいなです。
基本は当日受け付けで、写真を持ち込みでお願いしますと言えば良いかと思います。
警察署で更新時は写真を用意する必要はあるので、その時の方法で言うと、証紙を購入をして申し込み用紙に貼り付け、免許証、写真、申し込み用紙を受け付けで渡してから、視力検査でした。

それは全国共通では無いのです。

都道府県により異なります。都道府県が書かれていなければ回答は不可能です。