車を運転するに当たってMT車という少し複雑な操作が入った車で難しい思いをして

車を運転するに当たってMT車という少し複雑な操作が入った車で難しい思いをして免許を取らせたほうが何となくいい気がしますか？

いいえ、そうは思いません。
現代の人はＡＴ車しか運転しないのですからＡＴ車の運転操作を覚えるだけで良い。
ＭＴの方が操作が複雑だからといってＭＴ車で教習を受けた人の方が運転が上手くなる訳では無いです。
そんな事よりも、現代の普通自動車ＡＴ限定免許のカリキュラムをもっと多くしたり難易度を上げた方が良いと思います。
車体の左側を壁に寄せるテストとか、左右の車庫入れと左右の縦列駐車を何秒以内という時間制限を付けて行うなど。
※壁に車体を寄せるのはミラーを折り畳んで壁から5㎝以内まで寄せる、車庫入れは高速のＰＡなどを想定した斜め駐車もプラスする。

オランウータン級の知能でもオートマ車を走らせることできるのですし・・
2ペダル車を「人」が乗ったところで何らアドバンテージも無い。
5歳児の知能となる褒められるのは類人猿まで。
https://www.youtube.com/watch?v=I_-er2BzWBM
旧くからの手動変速機の操作は教習所での訓練もまだ意味あるが、
オランウータン君が分かるAT操作を「人」が習うの？という・・
簡単すぎでやる事ないでしょう。
踏んで居るだけで前進と後進だもの。
だから、米国みたいな簡易的なライセンス制度でも成立する。
この日本は国民から巨額の教習代金を巻き上げるための手段だからね。
日本はなんでもそう。
オランウータンが分かるイージー操作のオートマじゃあ教習代金に釣り合っていないし。

単に自家用車の運転をするのであれば、ほとんどがATなので、AT限定の免許の取得で良いでしょう。
教習所でも、これからは原則AT限定となり、MTの場合はAT取得後にAT限定解除を行うことになるようです。
先々中型免許や大型免許を取る予定がないならば、ATで十分だと思います。

はい、限定免許は通用する国が限られますから、引きこもりが増えます。

車の運転を趣味とするならMT有りですが、それ以外の場合はATで十分だと
思います。免許もAT免許を取れば良いと思います。

いいと思います。AT限定免許ってのが健常者でも取れるようになってから~~~~が急速に増えましたから。