MT車の免許について質問です。4月1日からAT車が基本になると聞きました。

MT車の免許について質問です。
4月1日からAT車が基本になると聞きました。2月の中旬や3月からMT車で入校した人は4月になってからもMT車で技能試験などを受けれるのでしょうか？

指定教習コースの話ですから、受けるのは技能試験ではなく検定ですよ。
旧基準の教習を受けた人は、3月31日までに卒業検定に合格する必要があります。そうすれば、4月1日以降の本免許試験をそのまま受験できます(卒業証明書による技能試験免除が有効です)。
しかし、3月31日までに卒業検定に合格できなかった場合、4月1日以降の検定はそのままでは受けられなくなります。その際にどのような移行措置が取られるのかは、ちょっと判りません。おそらく、旧基準で実施した教習内容を新基準の教習内容に「置換」して、新基準の教習項目全てが満足されていればよし、していなければ補習をする、みたいな対応になり、全く無効になる、と言うことは無いと思いますが…。
こういう問題が発生するので、既に殆どの教習所が普通自動車のAT限定なしのコースの受け入れを中止しているようです。つまり「2月の中旬や3月からMT車で入校した」は、合宿や短期コース以外には居ないはず、と言うことです。
そして、この時期にどうしてもAT限定なしの免許が取りたいと言う人は、まずAT限定付きで免許を取らせ、その後に限定解除コースを行ってAT限定なしにする、と言う方法で「回避」しているようです。AT限定付きと限定解除の指定教習コースは、4月1日変更は関係ありませんので、期日を跨いでも実施可能ですからね。

受けれる。勘違いしてる人多いですけど最初にクラッチ操作をやるか、後からやるかの違いでしかないんです。
最初からクラッチ操作だけの時間を使ってわからないできない、車が動かせないで勝手追い込まれて挫折する人が多いから、
最初はatで発進やステアリング操作、ブレーキ、車自体を動かすことをまず覚えてもらった上でクラッチ操作の授業をして基本操作や感覚を理解した上でクラッチ操作を覚えるとします。
だから試行されるまでに入っててクラッチ操作を理解してるなら「後から覚える授業」がなくなるだけです。
試行される数日前に入ったなら、そこまでで1回辞めて後々もっかいやろうか試行前だけど1回やめなきゃいけないからatからやろうかとなるだけ。
不利だなんだはありません。