私は現在大学生なのですが、車両価格が安く(50万前後で手に入る)、

私は現在大学生なのですが、車両価格が安く(50万前後で手に入る)、弄って遊べる軽自動車が欲しいと考えています。また、MT設定の車両に乗りたいと考えています。
候補として上がっているのが
・スズキ アルト
・スズキ kei
の2種類です。豪雪地帯に住んでいるので、keiの方が見た目が好みで普段乗りに向いているのかなと思う一方、軽くてキビキビ走って楽しいのはアルトなのではないかと決めきれずにいます。
当方全く車を弄ることに関しては詳しくないため、どちらの方がカスタムパーツが豊富で弄りがいがあるか等は分かりません。
両者のメリット/デメリットや、他にもオススメの軽自動車があれば教えてください。
また、中古車両を選択する際に走行距離や年式以外に気をつける観点があれば教えていただけるとありがたいです。

アルトの型式や年式が分かりませんが、Keiとほぼ中身が同じHA22/HA23系と仮定します。
スポーツグレードでない普通のグレードのMT車が欲しいならアルトをお勧めします。アルトはKeiより車重が軽く重心も低くて運転が楽しいというのはもちろんですが、この型のアルトは商用タイプ（HA23V型）が軽自動車の耐久レースで定番車種なあることもあって、意外とカスタム部品が豊富です。
反対にスポーツグレードの「ワークス」が欲しいならKeiをお勧めします。Keiワークスの事実上の先代モデルであるHA22S型アルトワークスは前期型がスロットルが電子式+エンジンにVVTを採用しており、これが「アクセルのレスポンスが悪い」「改造しにくい」などと言われ不人気です。電スロ特有のトラブルもあるので避けるのが無難です。後期からはワイヤースロットル&VVTレスになったのですが、不人気なのは変わらず中古車市場でも台数が少ないです。あと顔もちょっと好みが分かれます。Keiワークスは全年式ワイヤースロットル&VVTレスですし、見た目も万人受けするスポーティーさで良いんじゃないかと思います。
「カスタムパーツ」がどの辺りを指すのか分かりませんが、車高調、マフラー、ブレーキパッド辺りはKeiもアルトも色々なメーカーで設定があるので、「ちょっと車高下げて良い音させたい」くらいなら普通のグレードだろうがワークスだろうが、Keiだろうがアルトだろうが十分楽しめます。
ただ、もっとパワーが欲しいのなら、そもそもパワーがある上にブーストアップやタービン交換といった形でどんどんパワーアップできるワークスが良いと思います。その上で、HA22のアルトワークスは不人気故に中古の改造部品が少ないためKeiワークスを選ぶのがお勧めです。
他に50万程度で買えるMTの軽ならエッセやミラ（L275型）、アルト（HA36型）ですね。どちらもHA23と並んで軽自動車の耐久レースの定番車種です。HA22/HA23系のアルトやKeiより新しいので、こっちから選ぶのが後々手がかからないかと思います。また、思い切って普通車でスイスポ、デミオスポルト、ヴィッツRS、フィットRSなどはどうでしょう。
走行距離や年式以外に気を付ける点ですが、スズキの軽を買うならまず下回りの錆ですね。この時代のスズキの軽は錆びやすいです。特にリアサスペンション周辺が錆びやすく、酷いと穴が開いてしまいます。極力錆の少ない個体を選びましょう。あとはエンジンも結構オイル漏れしがちなので、距離走った車を選ぶならそこも注意点です。整備簿付で前オーナー時代の点検記録が分かるのが理想ですね。
良い車に出会えることをお祈りします。

先代HA36Sアルト派生のワークスか百歩妥協のターボRS仕様購入が吉です。
要はカスタムパーツ扱いの車屋免許を一応持つショップも現行アルトか先代アルト向けに商いや部品取り寄せでもう動いてますから。
極論すれば、HA36Sアルトのノーマル部品からのイメチェン目的の付け替えドレスアップ含み需要が有るので体力の有るショップにサブディーラーでも相手してくれますよ。

手を入れて楽しみたいなら、そういう車じゃないとパーツはないです。
コペンとかS660とか・・・ワークス系ならです。
何をしたいかですが、峠などでも軽は見かけます。
タイヤや足回りに金かけてるから、めちゃくちゃ軽くて速い
ただし、ターボばかりです。アルトワークスとか・・・
もう少し頑張って、スイフトや旧型86あたりの方が良いのでは？

どっちもスポーツ走行は想定してないから無いですよ。
ワークス系ならともかくだけど、そうすると予算オーバー。
流用出来るパーツはあるだろうけど、思う様なカスタムが出来るかと聞かれると期待値は薄い。
だったらコペン、カプチーノ、s660の様にハナからスポーツカーとして売られてるものを選ぶ方がカスタムの幅は広いです。

候補が両者ともスズキ車なので余計なお世話かもしれませんがダイハツのエッセがお勧めです。
少々MT車が高騰していますが50万もあれば入手可能な個体も見つかるのではないかと思います。
軽量且つ低重心の台形ボディ、嫌味のないデザインでおまけに走りも良い。シンプル至上の廉価モデルもあればちょっと豪華？なカスタムもある。
スズキ車もそれなりに他社種から純正部品流用ネタもありますがダイハツ車もそれなりにあります。このエッセもムーヴやタント、ソニカ、コペンなどから多種多様なパーツ流用ネタには困りません。
初期型も改良されたはずのモデルもエンジンマウントに持病があります。10万キロ前後なら交換前提追加料金払ってでも交換しておいてもらった方が精神てきに安心できます。
5速MT車狙いなら関係ないですがオートマ車には3速車と4速車があります。3速車は良いところがありませんので駅や幼稚園への10分程度の送迎以外の用途なら選ばない方が賢明です。

カスタムパーツ？
ないですよ。
だって、どちらも普段乗り用で車に関心がないような年寄り、おばちゃんも乗る車ですから。
Keiワークスとかアルトワークスならパーツは結構あると思いますが、Keiワークスは古いしアルトワークスに比べればマイナー車なので、あまりないと思います。
非ワークスのKeiやアルトにもワークス用のパーツも流用できるものもあるでしょうけど、あまり期待しない方が良いです。
せいぜい、形状が共通の内装部品とか外装部品くらいでしょう。
「両者のメリット/デメリットや、他にもオススメの軽自動車があれば教えてください。」
メリットは、比較的安いこと。
デメリットは、Keiはともかくアルトは商用車、営業車と見られがちなことくらいかと。
「また、中古車両を選択する際に走行距離や年式以外に気をつける観点があれば教えていただけるとありがたいです。」
店選び。
安いからと飛び付くと、保証も何もない店だったりします。
ちゃんと契約内容や保証内容を聞いて理解した上で買って下さい。