現在、普通2種免許を所持しています。新年度から大型2種免許を教習所に通って

現在、普通2種免許を所持しています。
新年度から大型2種免許を教習所に通って取得しようと考えていますが、
教習所の卒業後は、免許センターで2種免許の学科試験を受ける必要があるのでしょうか？

二種免許の学科試験は、最初に受ける時だけです。質問者さんは既に普通二種を所持しているので、大型二種の受験時は学科試験は免除されます。

二種免許取得者は学科免除です。公認教習所を卒業すれば、免許センターでの併記手続きで免許証が交付されます。
学科試験、技能試験免除で、適性試験のみの受験になります。

学科は免除です。
なので、卒検が受かれば取れたようなものです。