今二輪免許を取得するため教習所に通っていまして、免許を取得してから一年以内(

今二輪免許を取得するため教習所に通っていまして、免許を取得してから一年以内(初心者運転中)に違反等をして3点になると講習を受けないと免許取り消しになると知りました。
私は現在既に2点なのですが、ということはあと1点しか猶予がないということですか？もしくは現時点から3点加算されたらという意味ですか？

初心者特例の点数制度と通常の行政処分点数制度は別のものです。
初心者特例は初心者該当の免許のみの加点ですから、すでにある2点のとは別勘定します。
初心者期間に二輪車の違反で3点ないし4点以上の違反をすると、初心者講習の通知がきます。
この講習を受けないと、二輪免許取得から1年したころに再試験となり、不合格だと二輪免許は取消処分になります。また再試験を受けなかった場合も取消処分です。
一方の行政処分（免停処分や取消処分）の点数制度は、免種に関係なく合算します。
今、累積2点ですから、例えば二輪車でも車でも3点の違反をしたら累積5点となり、免許停止処分まであと1点となります。
こちらの点数制度で免停や取消処分になれば、持っている全ての免許が停止なり取消処分です。

初心運転者制度は種類別です。質問者さんが現在持っている2点は、原付か普通自動車かでした違反でしょ？。それは普通二輪の初心運転者制度とは無関係です。普通二輪の取得から1年間は「普通二輪の初心者期間」で、この間に「普通二輪でした違反」が3点以上になると、「普通二輪の初心者講習」に呼ばれ、受けなければ「普通二輪の再試験」になるんです。
ただし、違反の累積点数は既に質問者さんに2点ついているので、普通二輪で3点の違反をすれば累積5点で、30日の停止処分まであと1点、と言うことになります。停止や取消の処分の基準となる累積点数は種類別ではありませんからね。
要は、違反をした場合の点数の数え方が、累積点数と初心運転者制度で別になっている、複数並立している、と言う事です。