先日、普通二輪免許の合宿が終わり、平針試験場で学科試験の予約をしたいので

先日、普通二輪免許の合宿が終わり、平針試験場で学科試験の予約をしたいのですが、電話も出ないしWeb予約も3月まるまる空いてなく今の時期は厳しいのでしょうか？

予約が必要になるのは普通免許の学科試験を受ける人のみですので、二輪免許などは教習所を卒業していても、予約なしで学科試験を受験することができます。
https://www.pref.aichi.jp/police/menkyo/tetsuzuki/menkyoshiken/
愛知県警察HPの受験案内を読んでみましょう。
「予約が必要になる方は普通第一種の学科試験を受験される方で、他県の指定教習所の卒業者及び愛知県内の指定教習所を卒業した再受験者（２回目以降）です」と記載されています。
「普通一種以外学科試験の受験【試験場】(PDF:192KB)」
ここをクリックしてください。
予約なしで行って、申請時間内に受験申請をするだけです。