免許合宿にこれから行くのですが、住民票の本籍と本人確認書類の住所が異なる

免許合宿にこれから行くのですが、住民票の本籍と本人確認書類の住所が異なるのですが特に問題はありませんか？

本籍というのは戸籍を置いている場所のことで、戸籍は日本全国どこにでも置くことができます。
質問者さんが未婚なら通常、親の戸籍に入っているはずですし、本籍がお父さんの実家の住所になっていることも多いんじゃないかな。
本籍がどこになっていても、また現住所と異なっていても、免許の取得には一切影響しません。

住民票に記載されている住所と
本人確認書に記載されている住所が同じなら問題無し。
住民票に記載されている本籍が本人確認書に記載されている
住所と異なっていても問題無し。

何も問題はありません。本籍はただ記載されていればよく、それが日本のどこにあろうが、あるいは外国籍で外国になっていようが、関係ありません。本籍はただの運転免許証の記載事項に過ぎないから求められているだけで、その内容はどうでもいいんです。
なお、住民票の写しの『住所』と、本人確認書類の住所が異なっているような場合も、問題はありません。氏名と生年月日と顔写真とで本人確認はできますし、住民票の写しには通常、転入前の住所の記載もあります。そもそもパスポートなど、住所の記載がない本人確認書類だってあります。住所情報はオマケです。
ただし、本人確認書類の住所がどこであれ、また実際に住んでいる場所がどこであれ、できあがる免許証の住所欄は、提出した住民票の写しの住所になります。

本籍と住民票の住所は同じでなくても大丈夫です