5年前にAT自動車免許を取得しているのですがこの度MTの40

5年前にAT自動車免許を取得しているのですがこの度MTの400ccまでのバイクの免許を取るために教習所に行っている最中です。
あと二限で第二段階が終わるのですが、見極めのその後に卒卒業検定があって
その卒業検定では技能だけをやるのですが、
この場合免許センターでは何をやるんですか？

運転免許申請受付窓口で普通自動二輪免許を併記申請して
適性試験(視力検査等)を受ければ新しくなった免許証には
普通自動二輪が追加される。
用意する物
運転免許証
申請用の写真。
普通自動二輪の卒業証明書。
暗証番号(暗証番号を設定するばあい)
余談ですが
もし普通免許を取得して5年以上無事故無違反なら普通自動二輪免許を
追加併記すれば普通自動二輪免許が追加された免許証はゴールド免許に
なります。

視力検査等の適性試験のみで終わるのが基本です、因みに自分は静岡在住ですが３０年程前に教習所で普通二輪（当時は中免）取得の際は上記の内容の為免許センターに行くと各教習所のレベルを確認する為に任意抽出でコースを走らさせる事がありましたが全国的、又今もそうなんですかね。
尚その際は転倒しても、どこかに突っ込んでもどんな失敗しようとも教習所は卒業済みなので免許証は発行されました（まぁそんな奴見ませんでしたが）、ヘルメット、グローブ等持参する様に言われてませんか？

今回普通二輪の免許を取得したわけですから、免許の種類として、普通二輪が免許証に記載されることになります。
でも、教習所では免許証の発行が出来ませんので、免許センターで免許の種類を追加してもらう手続きを行うのです。
ちなみに、新たな種類を追加することを「併記」と言います。

運転免許の取得の為には、
学科・技能・適性の3種の
試験に合格する必要があります。
併記ですから普免持ちのなので、
学科試験は免除で公認の
教習所卒であれば技能試験も
免除ですが適性検査は免除されません。
従って、免許センターでは、
併記手続きと適性検査をやります。

免許の種類欄に「普二」が追加されますから、
その手続きのため、免許センターへ行きます。

適性試験を受けて合格したら、写真撮って、待ってたら免許証ができてくるのでもらって終わりのはずです。