中古車の購入を検討しており、まだ契約前の段階なのですが、販売

中古車の購入を検討しており、まだ契約前の段階なのですが、販売店がその車の不具合を見つけ、クラッチの交換もしくはオーバーホールが必要と言われました。この場合、頭初の支払い総額よりも減額はありますか？？

「クラッチの交換もしくはオーバーホール」ってなんか変ですね。
結局はクラッチディスクの摩耗ということでしょうけど、クラッチのオーバーホール＝ディスク交換することなので、「もしくは」ではなく、同じことです。試運転したらちょっとクラッチが滑り気味だというのに気が付いたのでしょう。厳密に言うと、不具合ではなく、消耗品の交換時期に差し掛かっていたというだけのことなので、減額なんかあるわけがありません。
タイヤが摩耗している、バッテリーが弱っているというのと同じことです。

販売店次第です
そのまま売る所もあるし自分の所で修理してから売る所もあります
値引きというのはあまり無いと思います

どういう売り方をしてるか だな
現状販売などでは そんな不具合があっても「知らんで 買ってからアンタでやりなさい」ということだし
売る前にクラッチのへたりが発覚というのは 店がイザ 売れそうになったから点検したら うむーこれは というのを発見したんだろう
マトモではあると思うが
さて 元の販売価格もあるだろうし どういう売り方をしてるかだと思うが
ま クラッチなぞ消耗品だからね こんなものはいずれは交換するんだけど
マトモな店でそゆのを発見したのでちょっと待ってね と言うのであれば
余計なカネは客には請求しないと思いますけどね
元の価格のままでしょ
値上げしたんなら その店をやめればいいだけのこと
売る前にクラッチぐたい 調べとけって話ですよ

逆と思いますよ。
整備、部品代がプラスされるのが一般的です。

契約前で不具合があるなら お店が直した後の物を買う（高く設定するかも）、そんなのは買わないと言う選択でしょう
普通は費用を足した金額で売りますね

直すなら減額は無いですね。
現状渡しなら交渉次第で減額してくれると思いますけど。