普通自動車免許二種免許について質問です。現在一種のMTを持っており、

普通自動車免許二種免許について質問です。
現在一種のMTを持っており、現在二種のAT限定を取得しようとしています。
その場合は、取得後は乗客などを乗せる時のみAT限定で、自家用車など運転する場合はMTも運転できるという認識で間違い無いでしょうか？。

その通りです。運転免許証には「普通車の旅客車はAT車に限る」と書かれます。
旅客営業（人を載せるor代行で人の車を運転する）を行う場合のみAT車に限られるので、自家用車を運転することはもちろん、MTのタクシーを回送運転するのは問題ありません。

二種免許とは
タクシーのように乗客を有料で送迎し
運賃を頂く場合に
事業用として必要になります。
私はどちらもＭＴ車両ですけど
・一種＝自家用車は
ＭＴ、ＡＴ限定どちらも運転が可能です。
二種＝タクシーのような事業用の自動車は
『ＡＴ限定』であれば
・ＡＴ車両なら
乗客を乗せている場合でも
乗客を乗せていない回送でも良いですが、
タクシーなら10人以下なので
普通自動車免許（二種）で大丈夫ですが、
マイクロバスなら30人未満なので
中型自動車免許（二種）
路線バスなら30人以上になるので
大型自動車免許（二種）が必要になります。
・ＭＴ車両であれば
タクシーでは
【乗客を乗せている場合はNG】
回送なら乗客を乗せていなく、
自家用車（一種）扱いなので運転は可能です。

それでokです。
タクシー会社に就職した場合のみ有効ですね。
勝手にお客さんを乗せて料金を取るのは、二種免許があっても白タク行為です。