カスタム車の未使用車の購入を考えてますが、購入後法令点検やリコールなど出た場合

カスタム車の未使用車の購入を考えてますが、購入後法令点検やリコールなど出た場合ディーラーに持って行くのでしょうか？
それとも購入した店に持って行くのでしょうか？
今までディーラーでしか購入した事がないので、購入してからの流れを教えて頂きたいです。

カスタムの内容次第です。
違法改造と思われる様なカスタマイズでは、ディーラーは一切対応しません。
公認改造であっても、改造箇所の点検やリコール対応箇所が改造されている場合もディーラーでは対応できません。
ですので、ディーラーで対応できる判っている場合を除いて、基本は購入店へ持って行き、購入店がディーラーでの対応になると言った時にディーラーへ持ち込む事になります。

未使用車＝登録済み未使用中古車、中古車なのでメーカー保証対象外です
なのでカスタムが合法でディーラー入庫もＯＫ（ディーラー判断で合法でもＮＧがある）でディーラーが保証継承を受け付けてくれるなら何も問題ありません
ダメな場合は ディーラーは入庫出来ないのでリコールもやりません、ノーマルに戻すのが条件になってしまいます

合法カスタムなら、ディーラーでも受けられます。
が、恐らく買った店で受けてくれますよ。

どちらでも大丈夫です
買った所は当然見てくれると思いますし、ディーラーでも見ると思います
但し、合法なのが前提なのとカスタムの内容によっては部分的に作業を拒否される可能性はあります