農機具のギヤオイルを交換しようと思うのですが、GL3と指定されている

農機具のギヤオイルを交換しようと思うのですが、GL3と指定されている所に、GL4のオイルを入れたら問題ありますか？

それはケースバイケース、としか言いようがないです。
基本的にGL4はGL3より年代が新しく「上位互換」なので、問題はありません。
その農機具の設計・製造年代が不明ですが、最上位がGL3の時代で、下位のGL2を使わないよう「GL3指定としてあるだけ」かもしれません。
ただし、やはりオイルにも「相性」があるようです。
ここでは直接関係ない、さらに上位のGL5規格の話ですが、GL4指定の自動車ミッションにGL5を使うことを、一部メーカーは「推奨しない」としているようです。（私も詳細はナナメ読みしただけですが、GL5に含まれるある成分が、特定の条件下だとミッション内の部品を痛めることがあるらしい、というウワサでした。あくまでウワサレベルの話です。）
同様にGL3とGL4にも「推奨できないケース」がないとは言い切れません。
ここから先は、その農機具メーカーと、使おうとされているGL4のオイルメーカーに尋ねでもしない限り、答えは出ないでしょう。

GL4と5は極圧添加剤の影響で金属に強い腐食性があるから、GL3指定の車両には推奨されてません。
ギヤが入りにくくなる場合があります。
新規格は必ずしも上位互換って訳ではありません。

まったく問題ありません
GL-5でもいいです。