シビック CIVICタイプRなどの特殊なモデルはもちろん、ノア NOAHなども長納

シビック CIVICタイプRなどの特殊なモデルはもちろん、ノア NOAHなども長納期により新車価格を上回る価格の中古車が出回っている状況ですが、新型プリウス PRIUSに関して、初期オーダーに並んで1年1万km乗ったあとに売却したら、
元値を超える売却額になると思いますか？

無いです。
本来、中古車市場は需要と供給次第なので台数が豊富(量産車)で人気がないモデル(大衆車など)はドンドン値が下がります。
新車価格より中古価格の方が高くなる「逆転現象」に期待しているのかも知れませんが、それはコロナや半導体不足の影響で製造に支障がきたしており入手できない事で「シブシブ」上昇しているに過ぎません。(もし同じ価格で購入できるなら誰だって新車を選ぶハズ)
黄金期の国産スポーツ車両が値上がりしてるのは100％「指名買い」であって国内だけでなく海外にも需要(人気)があるからです。
値上がりした中古車を「妥協」して購入してるワケではありません。高騰とは言え数十万くらいが上限でしょ？
20年以上前に製造され、走行距離が10万キロを優に超えたノアやプリウスが質問者さんの言う「特殊なモデル」のよーに新車価格の2倍～数倍まで高騰した事が過去に一度でもありましたか？(貴方は買いたいですか？)
現状、車が必要だけど仕方なく(高値になっても)購入するしかなかった人と古くても過走行でもボロボロな個体でも「ナンボでも金出します」って購買層は全く違うんです。
PS5も半導体不足で製造が追いつかず抽選販売になったり、値上がりしたりしましたが、数年単位の一時的な現象に過ぎません。
その内落ち着くと思います。
https://bit.ly/3EyFCzn

プリウスはかなりの台数が見込めると思うので1〜2年でそこそこの台数が中古市場に流れると思うので元値は超えないと思います。

玉数が少ない市場であっても元値は超えないですね。元値に近い数字はあり得ますが。