スマホ操作しながら運転して信号無視したところパトカーに発見されたら、

スマホ操作しながら運転して信号無視したところパトカーに発見されたら、一度の取締で３+２でいきなり５点ですか？

その場合3点が加算されます。
複数の違反を同時におこなった場合には点数の高い方の点数が
加算されます。
「点数切符による違反事実の告知、点数切符の作成等の要領」の
第４の2の（3）
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点数切符の対象となる複数の違反行為を同時にした場合は、
立証が確実な一つの違反行為についてのみ点数切符を作成し、
違反者に告知票を交付するものとする。
https://www.pref.aichi.jp/police_reiki/reiki_honbun/u393RG00000637.html
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そうですね。

一応違反は２つまで切符を切れる事になっていますのでそうなるでしょう
大抵は点数の大きい方を１つで許してくれるとは思います

同時に複数の違反をした場合、それぞれの違反点数が加算されます（累積方式）。
ただし、事故を起こした場合や「交通の危険」を生じさせたと判断された場合は、スマホ操作だけで6点（免停）になることもあります。
違反点数が6点以上になると、前歴なしでも30日間の免許停止となります。