台湾と香港の運転免許証はそのまま日本国内で運転することが認めら

台湾と香港の運転免許証はそのまま
日本国内で運転することが
認められているのに、
なんで中華人民共和国の運転免許証では
そのままの運転が認められていないのですか？
中華人民共和国とは正式な国交もあるし、
なのに、国家承認さえしていない台湾の
運転免許証のほうを格上に扱うというのは
外交上も非礼ではないでしょうか？
香港にしたって、中国の一部（特別行政区）
なのは疑いようのない事実です。
これは例えればアメリカが日本に対し
沖縄県だけに特別な国内法を制定して
施行するようなものです。

現状認識が間違っていますよ。
「台湾と香港の運転免許証はそのまま日本国内で運転することが認められている」
認められていません。日本では、外交官や駐留外国軍兵士の例外を除き、外国の運転免許証による国内の運転は不可能です。ただ、日本が締結しているジュネーブ国際交通条約の締結国、もしくは個別の二国間交通条約がある国の免許所持者が、必要な翻訳証明書類を携帯している場合に限り、日本国内での自家用車の運転を認めているたけです。つまり、外国免許「だけ」では運転はできません。
香港は英領の時代からジュネーブ交通条約の締結地域で、中華人民共和国に返還されて以降もその特別な地位が維持されているため、条約締結国の扱いです。また、台湾=中華民国は国際条約締結国とは見做されていませんが、日本との間に個別の協定が結ばれていて、規定の翻訳証明書の携帯により、台湾の免許で日本国内の自家用車の運転は可能です。
「なんで中華人民共和国の運転免許証ではそのままの運転が認められていないのですか？」
そもそも「そのまま」での運転手は認められていませんし、中華人民共和国は国際条約の締結国でもなければ、日本との間に個別の条約もありません。なので、中華人民共和国の運転免許証は、日本では無効だ、と言う事です。
「外交上も非礼ではないでしょうか？」
外交上の礼儀は、きちんと条約を交わし、その条約を守ることで実現するんですよ。国交が存在するから、国交のない相手より優位に扱え、などと言う我儘な主張とは関係ありません。
そもそもの話なら、中華人民共和国が国際条約に加盟しておらず、日本との間に個別の二国間条約の締結もしていないことが理由なんですから、他国に文句を言う筋合いのことではありません。
「アメリカが日本に対し沖縄県だけに特別な国内法を制定して施行するようなもの」
当の中国が西側社会に対し、香港返還後も50年は従来の制度を維持すると言う「一国二制度」を宣言したからこそ、西側諸国は香港を英領時代の別枠扱いのまま維持しているんです。最初から「中華人民共和国に完全に接収する」と表明していれば、西側諸国は香港の既得権を尊重などせず、香港の運転免許は紙切れになったでしょう。もっとも、そんなことを言えば、香港の存在価値自体がなくなり、香港は住人のいない廃墟になったでしょうけどね。
つまりこれも、中華人民共和国が自分で決めたことの結果であって、他国に対して文句を言う事では無いんです。
既に、香港の一国二制度は、50年と言う約束の期限を迎える以前に崩壊しつつあります。いずれ西側諸国の香港の特別扱いも無くなるでしょうね。

そもそも中国、香港、台湾・・・それぞれの免許で別の場所で運転はできませんが・・・

中華人民共和国が国際免許に関するジュネーブ条約に加盟していない為であり、差別的な扱いではありません。
https://www.keishicho.metro.tokyo.lg.jp/menkyo/menkyo/kokugai/kokugai04.html
ジュネーブ条約締約国等一覧 警視庁

朝鮮学校の問題と同じでしょう。
日本が必要と定めた教育を行っていないのに免許を出すわけにはいきません。