一度過度に締めすぎたトルクを正確なトルクに締め直したらもうボル

一度過度に締めすぎたトルクを正確なトルクに締め直したらもうボルトが伸び切っててダメですか？

過度に締め過ぎた度合い次第です。
弾性変形領域なら大丈夫だし、塑性変形領域まで締めたら交換が必要でしょう。

なぜ規定トルクがあるかの考え方で、均等締め付けの場合もしくは、抜けずボルトのせん断しないようにの観点から規定がある場合、どちらかによると思いますよ！前者はせん断までは余裕があり酷い場合は相手素材によっては例えばアルミ等で有れば相手のネジ山がいかれます。後者は破損しないような設定なので越えるとボルトの伸びが発生します。

場所によりけり。シリンダーヘッドなど均等に締めなくてはならない場所なら、締め直せば均等になるのでそれで良いです