アルファード ALPHARD、ヴェルファイア VELLFIREはTOYOTAのフラッグシップ車で

アルファード ALPHARD、ヴェルファイア VELLFIREはTOYOTAのフラッグシップ車でしょうか？

ミニバンカテゴリではフラッグシップですね。
トヨタ全体のフラッグシップはセンチュリーです。

はい！その通りです！
フラッグシップとは旗艦、すなわち司令官が乗っている船のことですがプロダクトでいうフラッグシップモデルとは何もそのメーカーで1番のものだけを指すのではなくメーカーが総力を上げてつくった最上級クラスの機能や品質をもつ製品のことです。
故にセンチュリーやクラウン。若しくはレクサスの面々はありますが、ミニバンというジャンルの中では間違いなく最上級クラスで東南アジアの各国では要人が乗るVIPカー指定にもなっているので間違いなくフラッグシップカーのひとつです。

アルヴェルよりも高額なクラウン、ランクル、プラドもありまっせ？
ハイラックスとほぼ同額だから上から４番目か５番目の値段であるミニバンしかもファミリーカーにフラッグシップはねえべな。
センチュリーは抜きにしても

アルファード、ベルファイア、クラウンはフラッグシップ車とは言えません。
理由、ウッドパネルが木目調プラスチックだからです。
ウッドパネルに本木目を使わない車は高級車とは言えません。
従って、フラッグシップ車とは言いません。

ある意味その通りです。
今は価格に関係なくクラウンが頂点と言う感覚は伝わって来ません。
ランドクルーザー、アルファード、ヴェルファイア、クラウンなどそれぞれのセグメントでのトップがフラッグシップという感じですね。
センチュリーやアルヴェルのロイヤルラウンジ(もう無いかも知れませんが)など法人を意識した特殊モデルは別ですから。