ｱﾙﾌｧｰﾄﾞとｳﾞｪﾙﾌｧｲｱ、装備や年式等がまったく同じ

ｱﾙﾌｧｰﾄﾞとｳﾞｪﾙﾌｧｲｱ、装備や年式等がまったく同じであれば、どちらの方が買い取り価格が高いですか？

業界関係者ですが、上記２車種ならアルファードを選択される方が無難です。
ヴェルファイアというのは、そもそもアルファードからの派生車種であり、
今後、絶版車となる可能性も高いと思われます。
仮に後にヴェルファイアの人気が維持できたとしても、
アルファード同様の評価までで、過去の例をみても超える事はありえません。
中古車の査定評価には、その車種の人気（知名度）や装備、
ボディカラーや状態が大きく影響します。
ちなみに、高査定を望むなら色はパール系含む白系、、もしくは黒系がお勧めです。

現行アルファードは、いまいちな売れ行き…
に対して
ヴェルファイアは、結構な人気と売れ行きです。
特別仕様の出来が物語ってしまっているようにも、思います。
という事から、特別仕様だと、ヴェルファイアの査定が高めでしょうね。
それ以外のグレード同士の比較でしたら、大差なさそうな気がします。
一番肝心なのは、状態の良さですけどね。

未来のことなので確実ではないですが、ヴェルファイアの方が若干ですが高いと思います。
ヴォクシーと同様、ヴェルファイアは若者好みのデザインが採用されています。
ノアとヴォクシーでもヴォクシーの方が若干高いようです。なのでヴェルファイアの方が高くなるんじゃないかと予測できます。どっちが高くなるかより気に入った方を買われる方がいいですよ。
それよりも選ぶ色により、買取額が大きく変わります。