ハイエース HIACE4.５型ナローディーゼル4wdを新車で購入しましたが、アルファード ALPHARDか

ハイエース HIACE4.５型ナローディーゼル4wdを新車で購入しましたが、アルファード ALPHARDからの乗り換えでかなり足廻りが硬く感じられます。
（バンなので仕方ないと思いますが）
数千キロ走行すれば足周りは馴染んできて少しは乗り心地が良くなってくるのでしょうか？

アルファードと比べてはいけません。
ハイエース100系から三代乗っています。
今は、質問者様と同じディーゼル四駆です。
これでも凄く乗り心地変わり良くなりました。
自分は、尻下がり対策としてリヤのシャックルを交換して車高上げました。
バランス良くなりハイエースバン特有の突き上げが軽減します。
ショックも交換されると尚良くなりましたよ！

数千キロ走行すれば足周りは馴染んできて少しは乗り心地が良くなってくるのでしょうか？
荷物を積むと
替わると思いますが・・

変わりません。何キロ乗っても硬いバネは硬いです。
アルファードからの乗り換えなら、かなり乗り心地は悪く感じるでしょうね。
諦めるか、数十万注ぎ込んで乗り心地をマシにするか。のいずれかですね。
いくら掛けてもアルファード並の乗り心地を実現することは無理ですが…

ほぼ変わらないんじゃないでしょうか！？

ならない。
その程度でへたる(痛む)ようなら、バンの意味が無い。