車を買い替えの予定です。現在の車種は平成22年式のワゴン WagonR、

車を買い替えの予定です。現在の車種は平成22年式のワゴン WagonR、購入時の時点では１０年落ち、本体価格25万円の中古車でした。もちろん中古専門店で購入したものです。
それくらいものだからだったのか、法定点検の度に不具合が見つかり、その修理費用は総額30万円はかかりました。はっきりいってこの度の購入は失敗だと思いました。今後は中古車にするにしても中古車専門店ではなく正規ディーラーで購入する、１０年落ち、30万円以下の車は買わないことにしようと思います。とはいいましても、中古専門店での販売や極めて安値の中古車は欠陥車とは一概に言えたことではありませんよね。中には10万円以下、15年落ちなのに、大きな不具合は見つかったという例も聞きますし。
すると、正規ディーラーでの購入にしても、高年式の中古車だったにしても安心だとは限らないんでしょうか？

新車ですらリコールがありますから、中古で安心は1000％ありません。

息子用の中古車（ワゴンR)だと、
H20年11月登録で10万km走行を
H30年10月に7万円で知人から購入
現在14万km弱で、いまだに調子良く走ってます。
何処で買うか？ではなく、調子の良い物を吟味して買う必要があります。
自分では吟味できないなら、ディーラー系の認定中古車辺りにした方が良いでしょう。

勿論です、ディーラーで売ってたとしても管理してたのは前の持ち主です。
オイルメンテを怠りとか何か傷を隠してるおそれもあります
どこに売るかはわかりませんが実際にオイルメンテを怠り警告灯がついてしまい安く売れてしまうから、エンジンはだめなのにオイル交換をして誤魔化そうとした客も実際にいます

メーカー系の中古車店で認定中古車を選択し、ロングラン保証を付けて購入する。のが一番安心、経済的に安全です。