HONDAフリード FREEDの初期型GB3走行距離229148Kmです。アクセル

HONDAフリード FREEDの初期型GB3走行距離229148Kmです。アクセルを踏むと、加速時にエンジンの振動？
なのかガツガツガツとなります。エンジンオイルとATFオイルを交換してみましたが効果ありませんでした。何が原因だと考えられますか？
プラグでしょうか？エンジンマウントでしょうか？補足エンジンの回転数もデジタルメーター上で分かるほどアップダウン変化しています。60キロぐらいまではガツガツと変化しています。

異音・振動発生時に、エンジン回転に変化があるのかが気になりますね。
異音に合わせてエンジン回転も上下するのなら、エンジンかミッションに何かあるっぽいですし、そうでないのならマウントなどを疑います。
症状的にはミッションジャダーっぽい感じがするので、ミッションに何かしら不具合があるのかもしれません。
CVTだと思いますが（4WDは5ATですが）、フルードはHMMFを使ってますか？もし社外のCVTFやATFを使って交換したのなら、今一度HMMFを使ってみてください。ホンダのCVTは純正以外を使うと割とトラブルが多いです。ディーラーに「純正フルードで交換して」って言えばHMMF使います。
CVTの発進時ジャダー現象は、フリードの前身、モビリオ/スパイクや初代フィットなんかでは定番の不具合でしたが、フリード以降はあまり耳にしません。ミッション内部の構造が変わったから（湿式多板クラッチ→トルコン）ではありますが、かといって構造上全くジャダーが出ないわけではないです。
なのでもともとあった不具合ではなく、過走行による劣化で起こったと考えられます。

アクセルを踏むと、加速時にエンジンの振動？
マフラー出口・黒っぽい「煤」
L15Aエンジン
点火系を疑います