排気量が大きいほどエアコンの効きが良いようですが、5000ccの車と軽自動車で

排気量が大きいほどエアコンの効きが良いようですが、5000ccの車と軽自動車では全く違うということでしょうか？？
レクサスのIS500で、冷房にしたら冷えすぎてヤバいでしょうか？

効きすぎることは無く、設定温度に早く到達するということです

5000CCのLC500に乗っており、サードカーには軽自動車（日産のDays）が有りますが、全く冷え具合ってか、エアコンの効き具合は違います。
カーエアコンの冷房は、エンジンと直結しているコンデンサーにエアコンガスを充填し、回転を加えることで圧縮、半液体状態にすることで始まりますが、軽自動車の場合、コンプレッサーの容量を大きくしてしまうと、排気量に対する負担が大きくなりすぎてしまいます。

そうなると燃費が悪くなったり、走行への影響も出てくる可能性もあるため、排気量とコンプレッサーのバランスをとる必要性から、コンプレッサーの容量が抑えられているため、エアコンの効き目に影響が出るわけです
それに、軽自動車のエアコンは、コンパクトなエンジンルームに入るよう軽量でコンパクトな設計から、必然的に冷却能力が低いコンプレッサーになります。
一方、LC500のエアコンは、エンジンルームの広いスペースが使えるので大型でより高い冷却能力を持ったコンプレッサーが採用されているので冷え具合は全然違います。

観光バスより、小さな冷凍車の方が冷えるね。関係ないです。ルームエアコンでもサイズがあるように、カーエアコンも大きさ、設定額がちがいます。

単にコンデンサーが大きいか小さいかの違いです
コンデンサーが大きいと吸収した熱をその分逃がす事ができますし風が当たる面積も当然広がります
軽自動車はサイズの関係で小さくなってるので熱が逃げにくいと言う感じです
エアコンのみの性能は実は同じです

>排気量が大きいほどエアコンの効きが良いようですが、
実際の現象としてそういう傾向が見られますが、『エンジンが大きいから』が理由ではありませんよ。
空調設計では、エアコンの温度が決められています。（吹き出し口温度で5～6℃、エバポレータで0～3℃）
これはクルマのサイズに関わらず同じで、軽自動車だから低性能のエアコンが付いていて温度が下がらない、というわけではありません。
・・・しかし実際にはエンジンが大きいクルマの方がエアコンが効くわけで、そうなる理由は2つ。
※エンジンルームの空間
エアコンは、エンジンルーム内に設置された熱交換器で、車内から奪った熱を放熱していますが、エンジンの熱に熱交換器が影響されます。
軽自動車はエンジンルームが狭く通風が悪いので、停止時や渋滞時には、軽自動車のエアコンは『なんか効きがイマイチ』という感じになります。
一方大排気量車のエンジンルームは大きく余裕があり、またラジエタの電動ファンなども大きいためエンジンルーム内に常に風の流れがあり、停車中でもエアコンがよく効きます。
※仕向け地の違い
軽自動車は、日本国内の専売品です。（輸出はされていません。）
故に外気温度は日本の夏を想定したもので、その状態で車内を冷やす様にエアコンが設計されています。
一方輸出も考慮している大排気量車では、地球上のかなり過酷な場所（例えば米国のデスバレーでは、気温が50℃に達することもあります）で、エアコンが十分効く様に設計されています。
昔の、まだエアコン装着率が低かった時代は、仕向け地別にエアコンのサイズを細かく換えてコストダウンを図っていましたが、装着率100％の現代では、細かく替えるより単一の仕様で沢山作った方が安くなるので、『最も過酷な地』で使えるエアコンに統一されています。
そういう仕様のエアコンを日本で使ったら、『冷え過ぎる』ということが起こり得ますが、但し。
>冷房にしたら冷えすぎてヤバいでしょうか？
オートエアコンは、そういう風に使うものではありません。
希望の設定温度にして、あとはAUTOで1年中『つけっ放し』にするのが本来の使い方です。（夏も冬もなく、ただ快適な温度を設定しておくだけです。クーラーにしたりヒーターにしたり切り替えるのは、機械が勝手にやります。）
AUTOで使う限り、エアコンの性能を意識することはありません。希望の温度以下に下がることは無く、『冷えすぎる』などということもありません。

冷たい風が出るのはどの車も同じ。
なので空間が狭い車の方が冷えは良いでしょう。
吹き出し口の数でも違いますが。
後部座席すらないトラックなどはあっという間に冷えます。