先日、走行中に変な振動がするなと思っていたら、赤信号で止まった時に

先日、走行中に変な振動がするなと思っていたら、赤信号で止まった時に急に車体が前後に揺れ始めグワングワンという音と共に1000回転付近を針が行ったり来たりして不安定な状態になりました。
特に警告灯などはついておらず、エアフロは交換したのですが症状は改善されませんでした。数日放置して車屋に修理に出す前にエンジンをかけてみたら症状が一切出ず、一応車屋に預けたのですが、預かっている間は試運転をしてみても特に異常は無かったと言われました。思い当たる節は、1年前くらいにフロントガラスまで水が来る程の冠水を経験したのですが、1年も経ってからこんなになるのはおかしいと思うので、それはないとは思うのですが。車に詳しい方どこが原因だと思いますか？スパークプラグも見て貰いましたが電圧は各気筒ごとに一定の電圧があるとの事でした。やはり冠水したことを考えプラグを交換した方が良いですか？よろしくお願いします！

プラグは関係ないでしょう。
ハーネス（電線）が一度どっぷり水に浸かると、水と溶けている不純物が電線の芯線（ビニール絶縁被膜の内側）に入ってしまい、抜けなくなります。これが腐食、劣化の原因となり、接触不良、絶縁不良になっていきます。
すぐには不具合になりません。1年以上かけてゆっくり進行します。
だから水没車は即全損になるんです。外側から乾かしたって無駄で、水没部位のハーネスは全数交換が必要です。

何か点火系のカスタムしてるのですか？
どノーマル？
良く耳にする社外品のMSDなど分かりますかね？
あれ系を取付けしてた時に同様の感じになってマジでビビったことがあります。
エンジンで違いがあるのかもしれませんがV8エンジンの時は上下のとても大きな揺れでした。
エンジン止めて暫くしてから再始動すると同じく症状無し！
基本的にカスタム否定派のお世話になってる修理屋さんへ相談すると「こんな物取付けしてるからだよ！即外せ！」と怒られました。
多分あなたのエンジンも一時点火順序が大きく狂って揺れたんだと思います。
冠水経験あるならそれが原因がかも？
フロントガラスまでって意味が良く分かりませんが、そんな高さに来たら普通は水没して廃車かと。