シリンダーヘッドボルトを最初、4本取り出した時ワッシャーがシリンダーヘッ

シリンダーヘッドボルトを最初、4本取り出した時ワッシャーがシリンダーヘッドにくっついた状態になって、最初の4本のシリンダーヘッドボルトとワッシャーの組み合わせが分解前と違うだけで、
残りのシリンダーヘッドボルトとワッシャーは組み合わせは分解前と同じなのですが、最初の4本のシリンダーヘッドボルトとワッシャーの組み合わせが分解前と違うだけなので大丈夫でしょうか？

大丈夫です。
いつもバラバラですが、問題になったことはありません。

ボルトとワッシャーの組み合わせが変わっても問題ない
ヘッドボルトにワッシャーがついてる？
フランジ付ボルトが一般的じゃないの
ヘッドカバーのゴム付きワッシャーですか？

シリンダーヘッドボルトとワッシャーの組み合わせが分解前と異なることは避けた方が良いでしょう。シリンダーヘッドボルトは同じ位置に戻すことが推奨されています。
理由は以下の通りです。
・シリンダーヘッドボルトは使用中に若干の変形が生じ、ボルトとワッシャーの接触面にわずかな凹凸ができます。分解前の組み合わせを維持することで、この凹凸に合わせた締め付けが可能になります。
・ボルトの締め付けトルクは、ボルトの長さやワッシャーの厚みによって変わります。分解前の組み合わせを維持することで、適切なトルク管理ができます。
したがって、シリンダーヘッドボルトとワッシャーの組み合わせが分解前と異なる場合は、メーカー指定のトルクで締め直すなど、適切な対処が必要になります。安全性を考えると、分解前の組み合わせを維持することが賢明です。