自動四輪免許と普通自動二輪免許を持っていて、教習所で大型で卒業し

自動四輪免許と普通自動二輪免許を持っていて、教習所で大型で卒業した場合、免許センターではどれに該当しますか？
適性検査を行って待つだけでもらえるのでしょうか？

「併記」という手続きになります。
併記はあくまでも試験という扱いになるので、視力検査は「適性検査」ではなく「適性試験」という扱いになります。
適性試験が終わって写真の撮影をしたら、免許証の完成を待つだけです。
待っている時間に「最近の道路交通法の改正点について」みたいな話がある所もあるようです。

普通自動車と普通自動二輪を同時に取得したのでなければ、質問者さんは既に一度経験しているはずですが…。手持ちの運転免許証に種類を追加する手続きは「併記」と言います。併記では必ず試験がありますが、質問者さんが大型自動車免許を併記する場合は、学科試験も技能試験も免除なので、試験場では適性試験を受けるだけで、合格すればすぐに交付手続きに移れます。

適性検査に 深視力検査 が加わりその後 併記ですね。