免許取消し(欠格期間5年相当)処分を受ける前に免許を失効したので失効日から5年

免許取消し(欠格期間5年相当)処分を受ける前に免許を失効したので失効日から5年経てば試験を受け、合格したら免許が交付されると思うのですが、一発試験の場合、
最後の技能試験が合格したときに5年を過ぎてれば大丈夫なんでしょうか？

そのとおりです。
つまり免許試験に「合格」した時点で、欠格相当期間（合格しても拒否される期間）が経過していれば良いのです。
免許の拒否（道路交通法９０条）は「合格した免許」を「与えない」処分をする行為です。
合格以前はその対象外です。
法律上、処分未執行のまま当該免許が失効した場合、失効日が起算日となり処分が始まったものと解釈します。
（道路交通法施行令３３条の３）
これは処分庁から欠格期間を指定されて処分された事にはなりません。
ですから、再取得時において「取消処分者講習」は不必要ですし、「取消歴等保有者」としての指定を受けない事から「特定期間」の設定もないのです。
このことは逆説的に述べれば、受験資格は満たしており、欠格事項に抵触していない事にもつながります。
よって受験を妨げる事項の存在はないので、欠格相当期間でも受験は可能との論理になります。
（実務上可能ですから、受験はさせてもらえます）
質問のケースで合格した場合、点数制度上は「前歴０回累積０点」の状態で免許が交付されます。
今回の例は「みなす拒否処分」に該当します。これは違反行為日に前歴付与が設定されるのですが、３年以上以前のことなので前歴に含まない計算になるからです。
（道路交通法施行令別表３備考１－１）

失効日からじゃないと思うよ。失効してもしなくても、行政処分はあるから、行政処分開始日から５年間が欠格期間の筈です。欠格自体が行政処分なのですから。
一発云々の前に、仮免許も５年経たないと取れませんよ。あとその前に取り消し者講習も受けないといけないはずだし。

いいえ、本免許の試験が受験できません。
一発試験の場合は、最初の学科試験から受験できません。（仮免許試験は除く）
指定自動車教習所の場合は、卒業検定までは受検できますので（本免許の試験でなく検定のため）最後の学科試験が受験できません。