自動車免許で今年の6月に信号無視し2点の9000円罰金、それで最近進入禁止時

自動車免許で今年の6月に信号無視し2点の9000円罰金、それで最近進入禁止時間で2点の7000円罰金、警察官から「6月の違反は3ヶ月経っているのでゼロになり、今回の2点からになります」といわれたのですが本当ですか？

はい。
２年間無事故無違反の者が、軽微な違反（３点以下）をした場合、３ヶ月間点数を加算するのを保留します。
そして、その３ヶ月間無事故無違反なら、その点数は足しません。
ですから、６月までの２年間無事故無違反で、９月まで無事故無違反なら６月の違反は足さずに計算して下さい。

参考までに・・・
軽微な違反（３点以下）ですから、罰金にはならず、反則金で済んでいるはずですけど？
取り締まりにふふくがあり、正式裁判で争ったなら、罰金で間違いなしですけど。

違反行為の違反点数が３点以下であり、その違反行為をした日において無違反の運転可能期間が通算して２年（過去３年以内のものに限る）に達していて、違反行為をした後、無違反の運転可能期間が通算して３ヶ月に達したことがある場合、その３点以下の違反点数は加算されません。
（http://www.top.in.arena.ne.jp/menkyo03tensuuseido.html）
と書いてあります。
よって、上記に当てはまれば2点になりますね。