道路交通に関する条約（ジュネーブ条約）に基づく国際免許証と日本の

道路交通に関する条約（ジュネーブ条約）に基づく国際免許証と日本の免許証を有しており、日本の免許で免停になってしまった場合、
国際免許証（有効期間内で日本に入国１年未満）で運転して違反になりますか？
補足また、
交通違反で警察に捕まった場合、日本の免許証より有効の国際免許を提示した方が（累積点数や反則金など）お得なのでしょうか？

無免許運転にはなりますが、それ以上の罪にはなりません。道路交通法には国際免許等の不正使用の罪はありません。
日本国籍を有する者および日本に外国人登録をしている者が日本において運転免許の取消または拒否の処分を受け指定された欠格期間を経過していない場合および運転免許の効力の停止(免停の正しい言い方)または保留の処分中である場合は国際免許証または日本で運転出来る外国免許証でも運転出来ません。
国際免許証または外国免許証を提示すれば当然パスポートの提示を求められます。警察官は無線で照会をかけますので、日本の免許を取得していないか、行政処分中でないかすぐわかります。日本の免許証を所持している場合は提示を求められます。もちろん点数や行政処分は日本の免許証のほうに付きます。国際免許証等しか持っていなくても、累積点数や反則金、行政処分や違反者講習は適用されます。行政処分は免停に相当する場合は６ヶ月以内の運転禁止処分、取り消しに相当する場合は１年以上５年以内の運転禁止処分になります。
現在は入国と同時に国際免許証等でそのまま運転出来ますが、将来は警察署や空港、港所在の交番に国際免許証等を提示し、日本の免許を取得していないか、行政処分中でないかどうか等をチェックし、問題なければ国際免許証等の内容を記録したＩＣカードの交付を受け、それを一緒に所持しないと運転出来なくなるかも知れませんね。

＞国際免許証（有効期間内で日本に入国１年未満）で運転して
＞違反になりますか？
はい。
日本の免許証が無効（免停期間中）の時に、有効な国際免許証があっても、無免許運転になります。
以前、日本の免許証が無効になっても国際免許証があれば車を運転できると言う話があり、それを悪用した業者が多数いたために、対策が打たれています。（数十年も昔の話ですけど。）
行政処分点数（累積点数）は、免許証にでは無く、人間に付く点数なので、国際免許証、国内免許証等の区別はありません。

いいえ、逆にその後さらに重い罪に問われてしまいます。
というのは、国際免許を提示して処分を受けると国際免許証にある番号から免停中であることが判明します。
その場合、違反に合わせて無免許運転の罪が重なるだけでなく国際免許の不当な使用を行ったことも問題になるでしょう。
もし交通違反で無く、検問などでの一時的な提示であっても国際免許を提示したら日本の免許を提示しなかったことで警察官が不正使用を疑いその場でデータを調べると思います。
ですから不正使用はしない方が良いですね。