はじめまして９０日の免停通知が来て講習に行かずに９０日間過ぎてし

はじめまして９０日の免停通知が来て講習に行かずに９０日間過ぎてしまった場合どうなりますか？

入院していて通知が来たことも知らず退院したら免停期間も終わっていたのですが…

免停通知が来て、免許センターに出頭し、免許等を預け、行政処分を受けましたか？
それをして９０日たったのなら免停は明けていますので、再び免許センターに出向いて免許を返却して貰えば運転出来ます。
ですが、出頭すらしてないのならば、まだ免停すら始まっていませんし、現状免許失効中です。ですので、まずは免許センターに出向いて事情を説明して行政処分を受けなくてはいけないです。それから９０日です。講習を受けたら最短４５日になります。

当たり前でが、免許センターへ問い合わせしてみましょー。

通知が来て、放置状態なら、まだ免停はスタートしていないですね。
免停がスタートしていない状況なら、免停期間も終了する事は無いです。
とりあえず、通知文書に連絡先が載っていると思いますから、そこに連絡するか、出頭して、まずは免停処分を開始するのが先決ですね。
免停処分が開始すれば、あとは９０日待つだけです。
とりあえず、免停９０日なので、意見の聴取を受ける権利があります。
入院中で、やむを得ない理由があったと言えば、意見の聴取を受けられるはずです。