★５００枚★あるスイミングクラブの送迎バス（マイクロ）なのですが、そこは

★５００枚★あるスイミングクラブの送迎バス（マイクロ）なのですが、そこはスイミングの月謝とは別にバスを利用する人はバス代を払っており、バス代を収めてる人だけがバスに乗ることが出来るという仕組みなので
。しかしバスが何台かあるのですが、全て営業ナンバーではなく白ナンバーで、運転手も大型１種免許しか持っていないようです。
これは法律的に大丈夫なのでしょうか？
もし法律違反の場合はどこの公的機関に言えばいいのでしょうか？補足どうやら徴収したバス代が運転手の給料になっているようです。

私はマズイと思いますね。バス代として徴収してんなら。
他の名目や、生徒に限り無料ってんなら良いんですが、実質バス代となった時点でアウト。
チクるなら……。どこになるのかな？
とりあえず運輸関係は運輸局でしょうか？
ただし、質問と同様パターンで、関東の大学が最寄り駅からバス代取って生徒を輸送していた問題では数年放置されていましたから、機敏な対応は望むべくもありません。流石御役所仕事。
乗車した生徒が絡む人身事故でも起こして示談せずに裁判が早いと言えば早い。

問題ありません。
バス会社がそのバスを使用して営業活動（営業免許が必要な旅客貸切や路線）する場合は緑ナンバー（営業ナンバー）が必要ですが、スイミングクラブの自家用バスで送迎用であれば白ナンバー（自家用ナンバー）で問題ありません。
また、免許も白ナンバーであれば人を乗せても大型1種で運転できます。
スイミングクラブがそのバスを使用して駅からの路線運行や、ツアー客を乗せるなどして旅客営業を行うようであれば問題があります。
スイミングクラブに何か恨みでもあるのでしょうか？

バス代は運行費用相当のわずかな額だと思います。
不特定多数の旅客を乗せてその行為を業として行っているとは言えず、白ナンバーでなんら問題ないと思われます。
むしろ、バスを利用しない人からは代金を徴収しないそこのクラブは好感が持てます。
そもそも事業の届出を出して受理されてるはずなので落ち度は特にないかと。

そのスイミングバス所有の車なんでしょうから白ナンバーで何の問題もありません。それで不特定多数の人を旅客運行するようでしたら別ですが。
ですので二種は不要です。大型一種で問題無いと思いますが。
何かそのスイミングクラブに恨みでもあるんですか？