うっかり失効してしまい、半年以内でしたので最取得に明日行きます。住民票も

うっかり失効してしまい、半年以内でしたので最取得に明日行きます。
住民票も準備したのですが、
運転免許の更新に使うと話したところ役員の人に住所が同じだから省略しますと言われ本籍に省略と書かれています。
これって大丈夫でしょうか？
仕事も休むと連絡済みなので胃が痛いです…

それは役場の人の間違いです。あなたが更新と言ったので住所変更と間違えたのでしょう。たとえ住所と同じであっても、本籍欄に本籍の記入がなければなりません。とにかく役場に朝一で行って「運転免許の住所変更ではなく失効させての再取得なので、本籍入りのに替えてください」と申し出ればいいでしょう。適性試験だけですから午後の受け付けには間に合うでしょう。