現在、原付免許をもっています。初心運転者期間に累積４点となり、普通なら１

現在、原付免許をもっています。初心運転者期間に累積４点となり、普通なら１ヶ月以内に初心運転者講習を受けなければなりませんが、その前に普通自動二輪をとれば、
講習は受けなくてもよいのですか？補足講習を受けずに再試験となっても、その時点で普通自動二輪をもっているなら原付の免許を取り消されても問題ないですよね？という意味です

まぁ理屈ではそうです。上位免許を取れば下位免許が失効しても問題なしという奴です。

初心者講習を受ける、受けないは任意なので、受ける義務はありません。
自動二輪を取得した時点で、原付の初心者特例が除外となるので、再試験もありません。
簡単に言えば、上位免許を取得した段階で、下位免許については「初心者でなくなる」と言う事です。

講習は講習です。
免許取得の講習とは違います。
避ける事は出来ません。