運転免許取得一年未満で、車で２点、原付きで１点減点になりました。この場合、初心

運転免許取得一年未満で、車で２点、原付きで１点減点になりました。
この場合、初心者講習になりますよね？

原付の違反は初心者講習に含まれないので、この場合は初心者講習にはならないです。

車で２点の違反したということは普通免許ですね。
初心者講習の対象になるのはその免許の対象になっている車種のみで、下位の車種の違反・事故は対象になりません。従って普通自動車の違反のみが対象になり、小型特殊自動車、原付での違反は対象外なので、今回は初心者講習の対象外です。
ただし、もう１つの運転免許の効力の停止（免停の正しい言い方）や取り消し、すなわち「行政処分」の基準となる点数のことがあります。こちらは免許や車種に関係なくすべての点数を合計し、その人が持っているすべての免許に対して処分されます。
質問者さんのケースでは、初心運転者期間が終了しないうちに普通自動車で３点以上の違反をすると、初心者講習と免停の両方の対象となります。
また、運転免許の点数は減点ではなく「加点」です。無事故無違反が０点で、違反や事故があると点数がつけられ、それが累積して基準に達すると、行政処分や初心者講習の対象となります。