例えばの話ですが、ヤマハＳＲ400か500のエンジンだけ排気量４９ccにし

例えばの話ですが、
ヤマハＳＲ400か500のエンジンだけ排気量４９ccにしたら原付免許で乗っても違法ではないですよね。

単に排気量を変えただけではいけません。
まず、「二輪の普通自動車」としては廃車にしてから「原動機付自転車」として届出なおす必要があります。原付としては型式認証を受けていない車両ですから、強度等の証明から一切合切やる必要があります(おそらく、強度自体は問題ないでしょうが、それを証明しなければいけません)。
また、「構造的に60km/h以上の速度が出ないようにする」など原付独自の規定もありますし、排ガス成分や排気音などについても原付としての基準を満たさなければいけません。
それらの条件を満たした上で、きちんと原付として免許を受けた状態であれば、原付免許で乗ることができます。

警察に見つかったらちょっと怒られて是正するように言われるだけでしょう。自転車二人乗りレベルの悪さですみます。

ってゆーか、「車体番号＝フレーム番号」なのだから、
フレームが４００である以上、５０のエンジンを積んだとしても
登録上「４００ｃｃ」で扱われるんじゃないですか？
そんなのが許されたら、車検なし、保険料格安で乗れるハーレーとかが続出しますやん；
逆の人はたまにいますよね・・・
２５０ｃｃのフレームに４００ｃｃのエンジン載せて車検なしの人。
もち違法でしょうが；