すでに二種免許（普通二種・大型二種）を取得している場合、初めて

すでに二種免許（普通二種・大型二種）を取得している場合、初めて牽引免許を取得すると、自動的に牽引二種になりますか？それとも、牽引免許もそれぞれ一種を受けると牽引一種、二種を受け受けると牽引二種ですか？

自動的に二種にはなりません。
一種を受けると一種免許で二種を受けると二種免許になります。
すでに二種免許をお持ちで有れば、牽引二種免許の受験資格は有りますので一種・二種のどちらも受験出来ます。
牽引二種の受験資格は
1.普通等の一種免許＋牽引一種免許取得後３年以上経過。（停止期間は計算に入らない）
2.普通・大型・大特二種免許取得者です。

http://www.menkyo.ne.jp/menu/tetsuzuki/nisyu.html

「牽引二種」の受験要項には「牽引一種を持っている事」が条件なんで、いきなり「牽引二種」を受験出来ません。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/menkyo/tetuzuki/tetuzuki18.htm
ですので自動的に牽引二種にはなりません。

別々の免許です
大特２種と並びマニアな免許ですが
東京のつるつる温泉（http://www.gws.ne.jp/home/onsen/bus.html）に
けん引２種が必要な路線がありますので
まだ大特２種よりかは用途があるのかもしれませんね
連接バス（http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%80%A3%E6%8E%A5%E3%83%90%E3%82%B9#.E9.81.8B.E8.BB.A2）は
切り離し不可の車体なので
大型２種でOKです
また、他県でのルールは判りませんが
埼玉ではけん引２種の受験資格として
・すでにけん引１種を受けている
・他の２種免許を受けている
のいずれかで受験できます

私は普通ー大型ー大型牽引ー大型二種ともっています。
牽引一種と牽引二種は別物で自動的にはなりません。
大型二種（観光バス）を先に取れば、普通二種（タクシー）は乗れます。
牽引二種はマニア以外取る意味が無いと思います。
たぶん大型牽引二種免許が必要な車両は日本には存在しないかと・・・・・