小型自動二輪現在普通自動車免許を持っていて、１００ＣＣのバイク（たぶんAT）に

小型自動二輪
現在普通自動車免許を持っていて、１００ＣＣのバイク（たぶんAT）に乗りたいと思ってます。

この場合は、教習所の表の取る免許の項目としては『小型二輪AT』って所を見るので合ってますよね？？

あっています。
小型だと125ccまでのれます。

厳密に言うと普通二輪【小型限定】免許になります。
オートマチックならば、さらに【AT限定】となります。
125㏄以下のオートバイに乗れます。
原付２種と言われるカテゴリーですね。