運転免許の更新期間（誕生日の前後１カ月）に入院していて更新できませんでし

運転免許の更新期間（誕生日の前後１カ月）に入院していて更新できませんでした。最初から取得しなければならないのでしょうか？

最初から取り直す必要はありません。
失効申請をすることにより、学科・実技両試験免除で新規免許を受ける事が出来ます。
失効後６か月以内であれば、事情を問わず試験免除（適性試験のみ）の適用が受けられます。
（６か月以内の失効事由は不問ですから、入院証明はいりません）
法律上、更新期間を１日でも過ぎてしまえば、いかなる事情でも「更新」は不可能です。
今回も実務上は更新とほぼ同様の手続きで免許が貰えますが、あくまで法的には新規免許の交付扱いになりますから、申請には「本籍記載の住民票」「免許種別ごとの受験料」が必要です。
（更新ではないので日曜日は受付けていませんので注意）

これを見ると、入院等の場合、再交付できるようですが・・・
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/menkyo/sikkou/sikkou02.htm
手続き方法は都道府県にもよると思いますので、まずはお近くの免許センターや警察署に問い合わせてみてください。

更新のお知らせに理由があって更新できない場合みたいなこと書いてなかったでしたっけ？
更新の最寄の警察に問い合わせれば教えてもらえると思いますよ。
最初から取得はないと思いますよ。