大型自動二輪免許取得後に事故に遭い、現在治療中ですが、左足の膝が曲がら

大型自動二輪免許取得後に事故に遭い、現在治療中ですが、左足の膝が曲がらない障害が残りそうなのですが、その場合免許の扱いはどうなりますか？
最終的に治療が完了した段階で、もし左膝が曲がらない障害が残った場合、MT車の運転は不可能なので、
免許に「AT車限定」の条件が付加されてしまう、というのは免許センターの適正相談に問い合わせて、分かりました。
ただ、その場合、現在所持している「大型自動二輪免許」に「AT車に限る」という条件が付加されるだけなのか、
もしくは、免許自体が「AT限定大型自動二輪免許」に変わってしまうのかが分かりません。
もし、後者の場合だと、「AT車に限る」の条件に加え「排気量650cc以下に限る」という条件がついてしまうことになりますよね？
現在、国内でもHONDAのDN-01や、外車スクーターなどでは、排気量650ccを超えるAT車が結構ありますので、
そういった車種が乗れる車両の選択肢から外れてしまうのかどうかが気になり、質問させていただきました。
情報をお持ちの方、教えて下されば幸いです。補足体が現在バイクに乗れない状態であっても、通常通り更新手続きを行えばよい、とご指摘いただきました。
ですが、免許の更新期間中(当然膝は曲がらず、松葉杖での歩行という状態)に、
問い合わせたところ、その時(免許更新の時)に、倒れたバイクが起こせなかったり、
実際に乗ったりという動作が出来ないならば、更新は出来ないと言われました。
そのため今は失効状態です。
免許センターのこの対応は誤りだったということでしょうか？

別に脚に包帯巻いた状態でもMTで更新すれば良いだけだと・・・難しく考えすぎ。
別に限定無しで取ったからといってMTに乗らないでいい訳ですし。
貴方の理屈じゃ、腕の怪我したら免許を返納しないといけないですよ。そんなのおかしいでしょ？
既に大型二輪持っているんだから、別に難しい事考えずに免許を更新すればいいと。
そうすれば650ccを越えるATも乗れるんだから。
わざわざAT限定にしてくれなんて申告しなくて良いと思いますが。
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「今バイク（MT）に乗れないです」って申告しませんでしたか？それが余計だと言ってるのですよ。
更新時、用紙に「病歴」とか書く覧があって、ちょっと何か書いただけで呼び出しですよ。逆を言えば「何も申告しない」ならば、いちいち調べませんよ。
更新時、いちいちこの人は「バイクに乗れるかどうか」なんてチェックしてるとこ見た事有りますか？申告した人だけチェックするんですよ。貴方は失効したという事は申告した筈です。いちいちしないでいいものを・・・・
失効って事は、もう貴方はATを含むバイクに乗れないって事ですよ。あ～ぁ・・・もったいねぇ。
私全免持ってますけど・・・いちいち「トレーラー乗れるか？」「バスに乗れるか？」「バイクに乗れるか？」「ブルドーザー乗れるか？」なんてチェックすると思います？申告しない限りされませんよ。
先程も書きましたが、貴方は「足」かもしれませんが、「腕」を骨折したら・・・・全部失効するんですか？そんなのおかしいでしょ？いちいち言わなければ何も問われません。貴方は「馬鹿正直に申告しすぎた」だけの話です。
でも、もう失効なんですよね？もう取り返しつきませんよ。もう貴方はバイクの免許がないのですから。それに、もう新規で取ると言っても、MT操作出来ないんですよね？もう650cc以上のAT車は諦めた方がいいと思いますが。

免許の更新に技能の試験はないので、そのまま更新すればいいかと。身体的にATしか乗れなかったとしてもすでにMTの免許を持っているわけで、その免許でAT車両も乗れるから、わざわざ限定条件に変更する必要はないと思う。