免許証の上二桁の番号は、「初回に免許を取得した都道府県の番号」

免許証の上二桁の番号は、「初回に免許を取得した都道府県の番号」とありますが、下記の場合もそれが言えるのでしょうか？？
・原付免許を道南(函館)[11]で取得
↓
・大型自動二輪免許を東京都内[30]で取得
上記の場合でも、免許証の上二桁の番号は11のままですか？？

はい、そのとおりです。
最初に取得した免許証番号は免許が中断せず継続している限り、変動はない規則です。
（失効半年以上経過の場合は、新規の番号となります）
上二桁が１１の北海道函館方面公安委員会の番号でも、東京都で併記（別種免許の合格）されれば、そのままの番号で東京都公安委員会発行免許となります。
この時点で３０に変わることはありません。

免許証の番号で唯一変わる部分は１２桁最後の０だけですよ。
失効等で免許証が新しくなった場合、全く別の番号になりますから。
免許証について下記参照
http://www9.plala.or.jp/hiyotrio/newpage011.htm

ハイ、その通りです。
免許証の番号は、基本的には変わりません。
私は学生時代に山梨県で普通免許を取得したので47です。
その後、他県で、普通二輪（当時は自動二輪中型限定）、大型二輪、大型特殊、旧法の大型自動車の免許を取りましたが、
番号は変わっていません。

はい、変わりません。仮にウッカリ失効が挟まってすら、取得年月日は変わりますが『１１』は変わりません。

そうです。
免許証番号は、原則、変わりません。
初めて免許を取った場所が必ず最初の二桁です。
あとから大型を取ろうが二種を取ろうが変わりません。