免許の書き換えと減点について質問です - 自分は原付免許を取って

免許の書き換えと減点について質問です
自分は原付免許を取ってから2ヶ月ほどで一時不停止により２点の減点をくらってしまいました。
その後、普通車の免許を無事取得し免許を書き換えてもらったわけですが、
この場合は減点された２点は取消しになっているのでしょうか？
それとも減点は持ち越しのまま、また１点以上減点された場合
３点以上減点されたものが行く初心運転講習とやらを受けなければいけないのでしょうか？

点数制度には２つあります。
良く似ていますが、全く別の制度と考えて下さい。

まず、１つ目の点数制度として、
初心者にのみ該当する点数制度（初心者講習とか）
＞原付免許を取ってから2ヶ月ほどで一時不停止により２点
原付免許証の初心者特例の点数が２点
＞普通車の免許を無事取得
上位免許を取得したので、原付は「初心者」では無くなりました。
ですから、原付免許証の初心者特例の点数は無しです。
普通自動車免許証の初心者期間がスタートしました。
普通自動車免許証の初心者期間なので、原付で違反した場合、初心者特例の点数には加算されません。
普通自動車免許証でしか乗ない車種での違反をした場合、初心者特例の点数がカウントされます。


２つ目は、初心者、ベテランに関係なく付く点数。（免停、免取などになる点数制度）
違反した点数を足していくので、累積点数と呼ばれます。
これは、免許証に付く点数では無く、本人に付く点数なので、免許証の取得、更新は関係ありません。
前歴０、累積点数２点
の状態。
６点以上溜まると免停。
１５点以上溜まると免取です。

まず、運転免許証の点数は減点ではなく「加点」です。無事故無違反が０点で、違反や事故があると点数がつけられ、それが累積すると運転免許の効力の停止（免停の正しい言い方）や取り消しの行政処分（点数制度）や初心者講習の受講や再試験（初心運転者制度）の基準となります。

運転免許の点数には２つの意味があります。そしてこの２つは無関係に適用されますので、状況によっては、行政処分と、初心者講習または再試験の両方の対象になることがあります。
１つは「点数制度」で、これは所持している免許や車種に関係なく、全ての点数を合計します。例えば、大型二種免許を持っていて、原付で酒気帯び運転をして免許取消の対象になった場合は、大型二種免許はもちろん、他に持っている運転免許全てが取り消しになります。もちろん欠格期間が指定されますが、この間は全ての免許を取得することは出来ません。免停の場合も同様で、全ての免許が停止になります。
１年間無事故無違反であればそれまでの違反点数は消え、０点に戻ります。
もう１つは、「初心運転者制度」で、普通免許、大型二輪免許、普通二輪免許、原付免許を取得して１年を経過しない方は初心運転者期間となり、免許に該当する車種（普通免許なら普通自動車）での違反により累積で３点以上になるか（１回の違反で３点の場合は次回の違反・事故の際）、１回で４点以上の違反・事故があった場合、公安委員会から初心者講習の通知が来ます。これを受講すればとりあえずＯＫですが、受講しなかったり、受講しても初心運転者期間内に再度初心者講習の対象になった場合は（講習ではなく）再試験の対象になります。再試験は対象となった免許を取得して１年を経過したころに運転免許試験場で学科と技能について（原付免許は学科のみ）一発試験同様に行われ、原付免許以外は９０％以上が技能で不合格になります。不合格の場合と再試験を受験しなかった場合は免許取消となりますが、取り消されるのは該当の免許のみで、他の免許があればそれは残りますし、欠格期間もありませんのですぐ免許を再取得出来ます。
なお、上位免許を取得すれば下位免許のときの違反は初心運転者制度の対象から外れます。
原付免許の場合は普通免許、大型二輪免許、普通二輪免許のどれか、普通二輪免許の場合大型二輪免許が上位免許になります。質問者さんの場合は原付免許を持っていて普通免許を取得したので原付での違反は関係なくなり、普通自動車での違反・事故のみが初心運転者制度の対象となります。
なお、普通免許にも上位免許として中型免許、大型免許、普通二種免許、中型二種免許、大型二種免許がありますが、受験資格が普通免許または大型特殊免許を取得してから中型免許は２年以上、大型免許及び二種免許は３年以上なので初心者講習や再試験逃れのために上位免許を取得するのは失効や取り消し等で普通免許等の免許歴が２年または３年以上ある方か、先に大型特殊免許を取得した後に普通免許を取得し、それらの免許歴が２年または３年以上ある方でないと不可能です。

先ず、減点でなく加点です。
初心運転講習と、免許制度の加点は、関係ないことを理解すれば
わかりやすいと思います。
参考）
http://www.police.pref.mie.jp/info/anzen/02_menkyo/07_saikou.html

原付免許の一時不停止の違反点数2点は、普通免許を取得しても残っています。
初心運転者講習は、普通車で違反をして累積点数が3点以上になった場合に受講することとなります。
原付車の違反は、普通車の初心運転者講習には、関係ありません。
貴方は、現在、一時不停止の2点の点数があるので、仮に普通車で3点の違反をし、更に原付で1点の違反をした場合、累積点数6点になり、初心運転者講習と違反者講習の両方を受講することになります。

それとも減点は持ち越しのまま、また１点以上減点された場合
３点以上減点されたものが行く初心運転講習とやらを受けなければいけないのでしょうか？
↑その通りです。
取り締まりを受けた日から1年経過していたら戻ります。