地元である長野県の自動車学校で普通車の卒検に合格しました。しかし、住民

地元である長野県の自動車学校で普通車の卒検に合格しました。しかし、住民票は大学に進学をしたため新潟市に移してしまいました。この場合は学科試験だけを新潟の免許センターで受けなければいけないのですか？
受けるとしたら試験料はいくらになるのでしょうか？一般の料金なのか指定自動車学校の料金なのかわかりません。通っていたのは長野中央自動車学校です。

原付免許などで免許証は持っていませんよね？
免許証がない場合は住民票の場所で受験する必要があるので、質問者さんは住民票を移さない限り新潟での受験が必要です。
一般料金とは、試験場での飛込試験の場合の料金だと思います。おそらく卒業したのは指定教習所でしょうから、費用は受験手数料2100円と交付手数料2100円の合計4200円のようです。以下が詳細ですので、参考に。
http://www.police.pref.niigata.jp/