普通自動二輪免除を所持しているものは普通自動車の免許を受ける際、教習

普通自動二輪免除を所持しているものは普通自動車の免許を受ける際、教習所の技能試験免除の卒業証明書を持参すれば学科試験は無いのですか？

教習所の卒業証書は技能試験が免除になる。
普通自動二輪免許を持っていれば、学科試験免除です。
卒業証書は普通自動二輪免許を所有しているという証明にはならないため、運転試験場には卒業証書と運転免許証の両方持っていかないとダメ。

運転免許所持者が教習所に入校する場合、必ず免許証を確認します。（原付や小特だけの場合でも）
そして所持免許の種類に応じて取得希望免許のカリキュラムが決まります。
普通自動二輪免許を所持で普通自動車第一種免許（MT）取得の場合には、実技32時間学科2時間です。
学科試験に関しては、普通自動二輪免許所持ということで第一種免許にかかる学科を修了しているとみなされ免除となります。（教習所で行われる仮免許試験、試験場で行われる本免許試験ともに学科試験免除）
公認教習所の行う卒業検定試験は、運転免許試験場の技能試験の代替となるもので、卒検に合格すれば、運転免許試験場の技能試験免除となります。
したがって運転免許試験場では、申請書や卒業証明書、現有免許証持参の上で申請することにより、適正試験（視力等）のみで免許交付です。

まず教習所で免許所持者は免許証の提示を求められます。
免許証自体に「普自二」と記載されているはずなので、卒業証明書などはいりません。